In 1980 werd de Loop over de Bodem van de Zee opgericht. Een hardloopwedstrijd waar in de loop der jaren toppers als Peter Rusman, Marti ten Kate en Gerard Nijboer aan deelnamen. Na een fikse dip in de jaren negentig besloot atletiekminnend Lelystad de polderloop te reanimeren. De naam werd gewijzigd in Zeebodemloop en de wedstrijd kreeg een start- en finishplaats in het centrum van de stad.
In 2010 en 2011 is er geëxperimenteerd met diverse parcourswijzigingen en sinds 2012 is het parcours van drevenloop met veel lange asfaltbanen volledig omgebouwd naar een stads-/bosparcours. Met start en finish als vanouds bij het mooie sportcomplex De Koploper in Lelystad.
Het parcours is veilig te lopen is en er is nauwelijks confrontatie met het snelverkeer. Ook beschikt de organisatie per 2 juni 2012 over een permanent veldloopparcours van circa vijf kilometer, waarvan het beheer en onderhoud door de Stichting Zeebodemloop Lelystad wordt verzorgd. Dit veldloopparcours is onderdeel van het Zeebodemloopparcours.